Аннотация: Признаки, связанные с весом тела в разном возрасте, хорошо коррелируют с продуктивностью, здоровьем и продолжительностью хозяйственного использования крупного рогатого скота. В то же время у крупного рогатого скота вес тела – признак с высокой наследуемостью. Полногеномный анализ ассоциаций позволяет найти генетические варианты и потенциальные гены-кандидаты, контролирующие интересующий признак. Однако обзоры работ по изучению веса тела с помощью полногеномного анализа ассоциаций у животных молочных пород крупного рогатого скота практически отсутствуют. Целью этой работы было выявление потенциальных генов-кандидатов, ассоциированных с признаками веса тела, у животных молочных пород крупного рогатого скота на основании исследований по полногеномному анализу ассоциаций. Поиск литературы проведен с использованием поискового запроса “Cattle AND Dairy AND Weight AND Genome-wide AND Association AND Study”. Критерием для включения публикации в нашу работу служила идентификация хотя бы одного гена-кандидата, достоверно ассоциированного с признаком, связанным с весом тела у животных молочной породы крупного рогатого скота. Количество пересечений между списками генов-кандидатов подсчитывали с помощью программы Venn. Анализ взаимодействий между генами/белками проводили с использованием веб-ресурса GeneMANIA; перепредставленные термины генной онтологии были найдены с помощью веб-инструмента DAVID. Было обнаружено 20 генов, ассоциированных в одной публикации с разными признаками веса либо с одинаковым признаком, но в нескольких публикациях. Среди них наибольшее количество пересечений имели гены TNNT3, DYRK4, AKAP3, GALNT8, NDUFA9 и KCNA1. Общие биохимические пути и белок-белковые взаимодействия были найдены для пар генов TNNT3–TNNI2 и FGF6–FGF23. Общие белковые домены были обнаружены у пар TNNT3–TNNI2, FGF6–FGF23 и KCNA1–KCNA6. При функциональной аннотации вышеупомянутого списка из 20 генов были выявлены перепредставленные термины генной онтологии, указывающие на обогащение списка генами, кодирующими белки комплекса тропонина (TNNT3 и TNNI2), белки калиевых каналов внутреннего выпрямления (KCNA1 и KCNA6), а также белки-рецепторы фактора роста фибробластов (FGF6 и FGF23).
Ключевые слова: крупный рогатый скот; молочная порода; вес тела; полногеномный анализ ассоциаций; ген-кандидат
Для цитирования: Юдин Н.С., Игошин А.В., Ларкин Д.М. Гены-кандидаты, ассоциированные с весом тела, у животных молочных пород крупного рогатого скота. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции. 2025;11(1):5-11. doi 10.18699/ letvjgb-2025-11-02
Финансирование: Работа выполнена при поддержке бюджетного проекта № FWNR-2022-0039.

Аннотация: Целью данной работы была идентификация полиморфных локусов в геномах Daphnia с помощью анализа последовательности генома и экспериментального анализа реальных образцов, собранных в естественных условиях. Мы использовали праймеры, предсказанные алгоритмом амплификации ДНК из образцов дафний, и капиллярный электрофорез для выявления полиморфных локусов. Это сделано для детекции полиморфных локусов в результате единственного эксперимента, когда наличие полиморфизмов с частотой, достаточной для генетических исследований, детектируется как появление множественных пиков на электрофореграмме. Таким образом, мы оценивали эффективность метода капиллярного электрофореза и уточняли параметры популяции, включая долю полового размножения и эффективную численность популяции. Изучение полиморфных локусов становится особенно актуальным в контексте изменения климата и усиления антропогенного воздействия на экосистемы, поскольку эти факторы могут существенно влиять на генетическое разнообразие и адаптацию популяций. Полиморфные локусы, содержащие микросателлитные повторы, могут служить индикаторами генетической стабильности и способности видов адаптироваться к изменяющимся условиям окружающей среды. В условиях глобального изменения климата и усиливающегося антропогенного воздействия, такого как загрязнение окружающей среды, урбанизация и изменения ландшафта, гидробионты сталкиваются с новыми вызовами, требующими быстрой адаптации. Полиморфные локусы, благодаря своей высокой изменчивости, могут предоставить ценную информацию о генетической структуре популяций и их потенциале к адаптации. В контексте наших исследований изучение полиморфных локусов у Daphnia приобретает особую важность, учитывая их экологическую роль и чувствительность к изменениям окружающей среды. Представители рода Daphnia как ключевые компоненты пресноводных экосистем могут служить модельными организмами для изучения генетической адаптации к изменению климата и антропогенным воздействиям. Понимание полиморфных локусов у Daphnia может дать ценные данные для оценки генетической стабильности и адаптивного потенциала этих популяций, что особенно важно в условиях быстро меняющихся условий окружающей среды.
Ключевые слова: полиморфные локусы; капиллярный электрофорез; агентное моделирование; микросателлиты; дафнии; генетическое разнообразие; адаптация; изменение климата; антропогенные воздействия
Для цитирования: : Poroshina A.A., Sherbakov D.Yu. Experimental analysis of polymorphic microsatellite loci in Cladocera: mixed breeding
strategy and population dynamics. Pisma v Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii = Letters to Vavilov Journal of Genetics and Breeding.
2025;11(1):12-16. doi 10.18699/letvjgb-2025-11-03
Финансирование: Исследование выполнено в рамках темы госзадания № 0279-2021-0010 «Генетика сообществ байкальских организмов: структура генофонда, стратегии консервации».

Аннотация: Полувековая жизнь в науке Л.П. Осиповой была тесно связана со становлением, организацией и развитием комплексных и широкомасштабных исследований генетической структуры популяций человека Северной Евразии. Были инициированы и проводились исследования в различных направлениях популяционной и эволюционной генетики человека, молекулярной генетики и иммуногенетики, демографии и биомедицины коренных народов; изучались механизмы адаптации человека к факторам окружающей среды, а также влияние техногенных факторов на окружающую среду и на здоровье человека. Совокупность результатов масштабных геномных исследований международных консорциумов с участием коллектива Л.П. Осиповой позволила реконструировать предковые геномы и воссоздать пути миграции человека в историческом прошлом.
Ключевые слова: популяционная генетика; генетическая демография; генетическая изменчивость; адаптация; коренные народы; Северная Евразия; этногенетика; Л.П. Осипова
Для цитирования: Захаров И.К., Посух О.Л. Полвека популяционной генетики народов Сибири: исследования Людмилы Павловны Осиповой. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции. 2025;11(1):17-28. doi 10.18699/letvjgb-2025-11-04

Аннотация: Исследован половой полиморфизм Geranium sylvaticum L. в двух популяциях в луговом и лесном фитоценозах подтаежного правобережья Оби (окрестности г. Новосибирска). В зависимости от комбинации обоеполых, пестичных и частично андростерильных цветков обнаружены три половых фенотипа: гермафродитный, женский и гиномоноэцичный. У ряда гермафродитных фенотипов формируются частично андростерильные цветки, среди которых преобладают цветки с 5 стаминодиями и 5 нормальными тычинками. Частично андростерильные цветки малочисленны и образуются в верхней и/или нижней части соцветия в начале и/или конце цветения растений. Гиномоноэцичные фенотипы представлены в двух вариантах: женский фенотип с единичными частично андростерильными цветками и гермафродитный фенотип с несколькими пестичными цветками. Женские фенотипы образуют приблизительно в 2 раза меньше цветков и в 1.6 раза меньше плодов, чем гермафродитные (различия статистически значимы), однако образование плодов в расчете на цветок у женских фенотипов в 1.4 раза выше, чем у гермафродитных. В условиях низкой освещенности гермафродитные фенотипы с частично андростерильными цветками встречаются в 2.2 раза чаще, чем при высоком уровне освещения. Соотношение двух форм гермафродитных фенотипов (с частично андростерильными цветками и без них) в луговом и лесном фитоценозах различается статистически значимо (p = 0.0247 < 0.05). При высоком уровне освещения гермафродитные фенотипы продуцируют в 1.6 раза больше плодов, чем при низком; различия статистически значимы (p< 0.05). В исследуемых популяциях G. sylvaticum выявлена низкая доля женских фенотипов как в луговом, так и в лесном фитоценозах: 7.1 и 4.7 % соответственно. Гиномоноэцичные фенотипы в популяциях отмечаются единично – 0.8–1.6 %. Для G. sylvaticum характерна сравнительно низкая встречаемость женских и гиномоноэцичных фенотипов и заметная доля гермафродитных с частично андростерильными цветками в европейской и азиатской частях ареала вида.
Ключевые слова: Geranium sylvaticum L.; гинодиэция; гиномоноэция; фенотип; соотношение половых фенотипов
Для цитирования: Гордеева Н.И. Половой полиморфизм гинодиэцичного растения Geranium sylvaticum (Geraniaceae). Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции. 2025;11(1):29-35. doi 10.18699/letvjgb-2025-11-05
Финансирование: Работа выполнена в рамках государственного задания Центрального сибирского ботанического сада СО РАН № АААА-А21-121011290026-9.

Аннотация: Для инициации транскрипции РНК-полимеразой II с ТАТА-содержащих промоторов необходима сборка транскрипционного комплекса, начинающаяся со взаимодействия ТВР (TATA binding protein) или TFIID, в состав которого он входит, с ТАТА-боксом, и присоединения к ним других базальных факторов транскрипции. Изучению взаимодействия ТВР с ТАТА-боксами и ТАТА-подобными элементами млекопитающих посвящено большое количество работ, увеличивающееся с обнаружением влияния однонуклеотидных замен (SNP) в ТАТА-последовательностях на фенотипические проявления, в том числе на связь с различными заболеваниями человека. Взаимодействие ТВР с ТАТА-боксами растений, в частности Аrabidopsis thaliana, практически не изучалось, за исключением единичных ранних работ. Широкомасштабное предсказание промоторных последовательностей и входящих в них сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью различных инструментов in silico успешно используется благодаря достижениям в транскриптомных технологиях и секвенировании геномов довольно многих видов растений (A. thaliana, рис, томат, свекла, картофель, пшеница, хлопчатник и др.). Однако предсказанные регуляторные последовательности могут быть функциональными (а могут и не быть), и необходима экспериментальная верификация вклада потенциального сайта связывания фактора транскрипции в активность промотора для подтверждения его функциональности. В данной работе применяется количественный метод задержки ДНК в геле для определения сродства ТВР к ТАТА-боксам промоторов генов A. thaliana и его сравнения с предсказанным с помощью веб-сервиса Plant_SNP_TATA_Z-tester значением. Для изучения мы использовали гены A. thaliana PUR7, TFL1, MLH1, FT, AOP2, транскрибируемые в разных органах растения. Выявлено, что олигодезоксирибонуклеотиды, идентичные последовательностям ТАТА-боксов с фланкирующими их нуклеотидами генов А. thaliana, имеют сродство к ТВР, различающееся до 66 раз. Фланкирующие последовательности ТАТА-боксов промоторов рассмотренных генов А. thaliana имеют более низкое содержание GC-нуклеотидов во фланках (на 23 %) по сравнению с генами человека. Эксперименты показали, что для предсказанных с помощью Plant_SNP_TATA_Z-tester равновесных констант диссоциации KD и их экспериментальных значений, выраженных в нМ, коэффициент линейной корреляции (r) = 0.97 при p< 0.05. Полученные результаты указывают на надежность in silico оценки сродства ТВР Arabidopsis к промоторам генов этого растения с помощью сервиса Plant_SNP_TATA_Z-tester.
Ключевые слова: Arabidopsis thaliana; TATA-бокс; промоторы генов A. thaliana; TBP/TATA сродство
Для цитирования: Шарыпова Е.Б., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Определение in vitro сродства TBP к TATA-боксу промоторов генов Arabidopsis thaliana. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции. 2025;11(1):36-42. doi 10.18699/letvjgb-2025-11-06
Финансирование: Работа выполнена при поддержке бюджетного финансирования, № FWNR-2022-0016.

Аннотация: Критерий Стьюдента статистической значимости разности средних двух выборок, предложенный Р. Фишером в 1925 г., до сих пор является одним из самых востребованных методов статистического анализа. За почти столетие его использования сложилась устойчивая система рекомендаций и условий его применения, которая изложена в учебниках и руководствах по статистической обработке данных. Как правило, настоятельно требуется предварительная проверка нормальности распределения исходных выборок и равенства их дисперсий. В случае ненормальности рекомендуется использовать непараметрические методы, например критерий Манна–Уитни. В работе представлена более современная точка зрения на эту проблему, обусловленная несколькими взаимосвязанными причинами. Во-первых, за прошедшее столетие накоплен значительный практический опыт применения t-критерия Стьюдента, который заставляет сильно сомневаться в обязательности проверки нормальности и равенства дисперсий, а также применения ранговых критериев в случае отсутствия нормальности. Во-вторых, теория тоже не стояла на месте. Появились расчет критерия Стьюдента через точечно-бисериальный коэффициент корреляции и альтернативы методам «нормальной теории» в виде свободных от распределения процедур. В-третьих, кардинально выросли вычислительные возможности, позволяющие без дополнительных предположений моделировать в компьютере генеральные распределения исходных выборок и по ним оценивать требуемые p-value.
Ключевые слова: нормальное распределение; точечно-бисериальный коэффициент корреляции; свободные от распределения процедуры; p-value; бутстреп
Для цитирования: Ефимов В.М. Как считать критерий Стьюдента статистической значимости разности средних двух выборок. I. Проверка нормальности. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции. 2025;11(1):43-50. doi 10.18699/letvjgb-2025-11-07
Финансирование: Работа поддержана бюджетным проектом № FWNR-2022-0019.